Aufgewachsen in einem bürgerlichen Elternhaus, versuchten die Eltern die künstlerische Laufbahn ihrer Tochter zu verhindern. 1915 begann sie ein Studium an der Königlichen Kunstgewerbeschule Dresden. Der Vater wollte, dass sie "Mode und weibliche Handarbeiten" studiere, was in seinen Augen einem "züchtigen Weibe" entsprach. Doch Elfriede Wächtler hatte ihren eigenen Kopf und wechselte 1916 das Fach, studierte "Angewandte Graphik", um freischaffende Künstlerin zu werden und verließ das Elternhaus. Ihren Lebensunterhalt verdiente sie sich mit Batikarbeiten. Elfriede Wächtler verkehrte in der Dresdner Boheme und war eine Anhängerin des Dadaismus. Sie schnitt sich die Zöpfe ab, trug Herrenhüte und Männerhosen, rauchte Pfeife und Zigarren und gab sich den männlichen Namen "Nikolaus", um dem Makel der damaligen verpönten "Frauenkunst" entgegenzuwirken.
Sie fand Anschluss bei der Dresdner "Sezession Gruppe 1919". 1921 heiratete sie den Maler und Opernsänger Kurt Lohse - ein unglückliche Verbindung, er soll verschwenderisch und rücksichtslos gewesen sein. 1925 zog das Paar nach Hamburg. Ein Jahr später trennte es sich. Kurt Lohse zog zu seiner Freundin, die 1927 das erste von fünf Kindern mit ihm bekam. Für Elfriede Lohse-Wächtler, die aus wirtschaftlichen Gründen mehrmals abgetrieben hatte, ein tiefer Schock.
Elfriede Lohse-Wächtler lebte in finanziell engen Verhältnissen. Dennoch hatte sie in Hamburg eine ihrer kreativsten Schaffenszeiten. Zwischen 1927 und 1931 entstanden einige ihrer Hauptwerke in Öl, Pastell und Aquarell. Sie malte Portraits, Paarbeziehungen, Bilder aus dem Prostituierten- und Arbeitermilieu. 1929 erlitt sie einen Nervenzusammenbruch und kam in die psychiatrische Klinik Hamburg-Friedrichsberg. Dort malte sie die "Friedrichsberger Köpfe", ca. 60 Zeichnungen und Pastelle als Kopf- und Körperstudien von psychisch Kranken. Die Bilder erhielten gute Kritiken. Elfriede Lohse- Wächtler wurde bekannt, was sich finanziell nicht auswirkte. Bis 1931 nahm sie an zahlreichen Ausstellungen teil u. a. in der Hamburger Kunsthalle. 1931 wurde sie obdachlos, übernachtete in Bahnhofswartehallen und kehrte schließlich in ihr Elternhaus zurück, wo die Spannungen mit ihren Eltern wieder auftraten. 1932 ließ ihr Vater sie in die Landes-Heil- und Pflegeanstalt Arnsdorf einweisen. Die Diagnose: Schizophrenie. Anfangs konnte sie noch schöpferisch tätig sein. Doch nachdem sich Kurt Lohse 1935 von ihr wegen ihrer "unheilbaren Geisteskrankheit" scheiden ließ, sie entmündigt und zwangssterilisiert wurde, zerbrach ihre Schaffenskraft. 1937 diffamierten die Nazis Elfriede Lohse-Wächtlers Kunst als "entartet". 1940 kam sie in die Landes-Heil- und Pflegeanstalt Pirna-Sonnenstein und wurde dort im Rahmen der nationalsozialistischen Euthanasie-Aktion T4 getötet.