Der Vater, ein wohlhabender Kaufmann, verbot seiner Tochter, einen Beruf zu erlernen. Mit 25 Jahren heiratete Emma Ender und schloss sich dem Allgemeinen Deutschen Frauenverein (ADF) an. Dort widmete sich die kinderlos Gebliebene der Kinder- und Jugendarbeit. Sie war u.a. von 1910-1919 Vorsitzende des Verbandes Hamburger Mädchenhorte, von 1907-1916 stellvertretende Vorsitzende des ADF Ortsgruppe Hamburg. Im Ersten Weltkrieg gehörte sie zu den Gründerinnen des Frauenausschusses der Hamburger Kriegshilfe. Emma Ender setzte sich für das Frauenwahlrecht ein und gründete den Wahlwerbeausschuss des Stadtbundes Hamburger Frauenvereine, dessen Vorsitzende sie war. Von 1919-1924 war sie Bürgerschaftsabgeordnete der DVP, ab 1924 Vorsitzende des Bundes Deutscher Frauen. Als Gegnerin des Nationalsozialismus zog sich Emma Ender 1933 aus dem öffentlichen Leben zurück.